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長時間労働者に対する面接指導を実施する前提として、管理監督者を含むすべての労働者（高度プロフェッショナル制度対象者を除く）を対象として。労働時間の状況の把握をしなければなりません。（労働安全衛生法６６の８の３）
把握した労働時間の状況は、その記録を３年間保存しなければなりません。（労働安全衛生規則５２の７の３②）
労働時間の状況の把握方法
労働時間の状況は次の方法によって把握する必要があります。（労働安全衛生規則５２の７の３①）
ア 使用者が、自ら現認することにより確認し、記録すること。
イ タイムカード、ＩＣカード等の客観的な記録を基礎として確認し、記録すること。
以上が原則的な時間把握方法ですが、自己申告制も条件付きで認められています。
自己申告制とは、タイムカード等の記録とは関係なく、何時間残業したか本人が申請して上司がそれを承認することで残業代を払う仕組みです。残業申請書などを使用している会社ががこれにあたります。
自己申告制を用いると、実際の労働時間より少なく申告する（せざるをえない）など、不適正に運用される危険があります。
よって、自己申告制で労働時間を把握するときは、次のような対策を行うことが求められています。
自己申告制による場合は、事業者は、以下のアからオまでの措置を全て講じる必要があります。（通達：基発1 2 2 8第1 6号令和30年12月28日）
ア 自己申告制の対象となる労働者に対して、労働時間の状況の実態を正しく記録し、適正に自己申告を行うことなどについて十分な説明を行うこと。
イ 実際に労働時間の状況を管理する者に対して、自己申告制の適正な運用を含め、講ずべき措置について十分な説明を行うこと。
ウ 自己申告により把握した労働時間の状況が実際の労働時間の状況と合致しているか否かについて、必要に応じて実態調査を実施し、所要の労働時間の状況の補正をすること。
エ 自己申告した労働時間の状況を超えて事業場内にいる時間又は事業場外において労務を提供し得る状態であった時間について、その理由等を労働者に報告させる場合には、当該報告が適正に行われているかについて確認すること。
タイムカードでの時間管理
多く採用されている方法は、タイムカードの打刻時間で労働時間を決定する方法です。
この方法は、必ずしも労働時間と一致していないという難点があります。
朝、タイムカードを打刻してもすぐに仕事を始めるとは限りません。帰りのときも、仕事が終わってすぐにタイムカードを打刻しているとは限りません。
それでも、労働基準監督官から、タイムカードの記録が労働時間の記録だといわれることがあります。
タイムカードによる労働時間管理をする事業場は、だらだら居残るような状態を一掃しなければなりません。
タイムカードの打刻時間と実際の勤務時間がずれるときは、ずれた時間とその理由を、管理者と労働者が現認して記録に残す必要があります。
労働時間管理の一例
タイムカードと事前申請制度を併用する例を紹介します。
１．出社時と退社時にはタイムカードの打刻を義務付ける。
２．始業前に仕事をしないように、かつ、終業後は速やかに帰宅するよう、規程や掲示などで周知する。
３．時間外労働は事前申請として勝手残業は認めないことを規程等や掲示などで周知する。
事前に時間外労働申請書を提出して時間外労働に入る。
↓
時間外労働終了後に時間外労働報告書を提出する。
申請書と報告書の時間差について、上司が確認する。
報告書とタイムカードの記録との時間差については、人事課が確認する。
タイムカードの打刻時間が始業終業の時間と一定時間以上（１５分など）ずれている場合は、そのずれがなぜ生じたか、人事から当人に確認する。
↓
人事課は本人から聴取の上、必要に応じて当該労働者の上司と連絡をとり、実質的に労働時間と認められる部分について、時間外労働に加算する。
↓
この作業の記録を残す。
一つの例ですが、このようにルールを決めて、正確な労働時間（実際に労働を始めた時間と終わった時間）を把握しなければなりません。
参考
通達：働き方改革を推進するための関係法律の整備に関する法律による改正後の労働安全衛生法及びじん肺法関係の解釈等について
ダブルワークの労働時間管理
副業・兼業などで複数の事業場で働く人もいます。